Das Ende der Selbständigkeit und die Reformation
Wie in anderen deutschen Städten endete auch für Halle das 15. Jahrhundert mit dem Verlust der Selbständigkeit. Es kam zu innerstädtischen Machtkämpfen, die die Position Halles in den Auseinandersetzungen mit dem Landesherrn schwächten. Die mittleren Schichten rangen der alten Salzaristokratie eine Beteiligung an der Stadtführung ab und erkämpften Sitze im städtischen Rat. Der Erzbischof besetzte 1478 mit seinen Truppen die Stadt und ließ innerhalb der Mauern eine neue Festung, die Moritzburg, erbauen.
Unter Kardinal Albrecht, der durch seine Um- und Neubauten das hallesche Stadtbild wesentlich beeinflusste, spitzten sich auch in Halle die Auseinandersetzungen zwischen Katholiken und Lutheranern zu. Der hartnäckige, unblutige Widerstand der vorwiegend reformatorisch gesinnten Bürgerschaft und die Bereitschaft der erzstiftischen Stände, die Schulden Albrechts zu übernehmen, führten zu dessen Abzug und zur Einsetzung des ersten evangelischen Predigers.



Blüte Halles und Niedergang im Dreißigjährigen Krieg
Der florierende Salzbetrieb und die friedlichen Jahre bis 1618 brachten trotz zunehmender Verschuldung und Verelendung eine Zeit relativen Wohlstandes. Mehrtägige Schützenfeste, eine rege Bautätigkeit im öffentlichen und privaten Bereich sowie Leistungen auf geistig-künstlerischem und musikalischem Gebiet waren Ausdruck der stolzen Bürgerschaft. Der Baumeister Nickel Hofmann, schuf großartige Renaissancebauten. In den Räumen des ehemaligen Franziskanerklosters gründete der Rat ein zehnklassiges lutherisches Gymnasium. Sieben Jahre nach Beginn des Dreißigjährigen Krieges wurde Halle in den Krieg einbezogen: kaiserliche Truppen unter Wallenstein eroberten und plünderten die Stadt. In den jahrelangen Kämpfen wechselten sich die Besatzer ständig ab und am Ende des Krieges blieben Moritzburg, Giebichenstein und andere Gebäude in Trümmern zurück. Die Stadt lag finanziell, wirtschaftlich und moralisch völlig am Boden.